El primer paso en la aplicación de la gestión clínica es la organización, entendida como forma social estructurada y orientada conscientemente para cumplir unos objetivos concretos y específicos. El marco de referencia entre los miembros de esta organización no será su relación personal primaria, sino el papel que cada uno tenga asignado en la ejecución de las tareas. La organización debe ser, además, flexible, dado que los objetivos pueden ser cambiantes, al menos parcialmente.